Un caballo tiene 205 huesos. Su columna vertebral está compuesta por 51 vértebras. Una diferencia importante entre el esqueleto del caballo y el del humano es que aquel carece de clavículas, los miembros anteriores se unen a la columna mediante poderosos músculos, tendones y ligamentos que sujetan las escápulas. Las patas y los cascos de los caballos también son estructuras únicas. Por ejemplo, la parte del cuerpo llamada «rodilla» en los caballos en realidad está formada por los huesos del carpo, que se corresponden con la muñeca humana. Los huesos inferiores de la pata del caballo se corresponden con los huesos de la mano o el pie humanos, y los denominados menudillos del caballo son los huesos sesamoides entre la caña y las falanges proximales de los dedos. En las extremidades delanteras, el cúbito y radio se han fusionado dando lugar a un único hueso, al igual que ha sucedido con la tibia y el peroné lo que impide que pueda girar lateralmente las manos y pies. Además un caballo no tiene músculos en sus patas por debajo de las rodillas y corvejones, sólo tiene piel, tendones, ligamentos, cartílago y huesos, y un tejido córneo especializado para absorber impactos que forma los cascos.
Los huesos de la cabeza del caballo son largos y los de la cara tienen el doble de longitud que los del cráneo. La mandíbula también es larga y posee una superficie ancha y aplanada en la parte inferior de la zona posterior.
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